La Fundación se rige por un Patronato constituido por las universidades fundadoras y EUROPARC-España, e integrado por los siguientes patronos:
- D. Joaquín Goyache Goñi
Rector de la Universidad Complutense de Madrid - Dña. Amaya Mendikoetxea Pelayo
Rectora de la Universidad Autónoma de Madrid - D. José Vicente Saz Pérez
Rector de la Universidad de Alcalá - D. Rafael Mata Olmo
Presidente de EUROPARC-España - D. Carlos Montes del Olmo
- Presidente del Patronato
Catedrático de Ecología, Universidad Autónoma de Madrid - D. Antonio Gómez Sal
Vicepresidente del Patronato
Catedrático de Ecología, Universidad de Alcalá - D. Francisco Díaz Pineda
Secretario del Patronato
Catedrático de Ecología, Universidad Complutense de Madrid
Para el desarrollo de su actividad la Fundación cuenta con una Directora Ejecutiva, puesto desempeñado por Marta Múgica de la Guerra, y con un equipo técnico. En 2010 se aprobó el Plan Estratégico de la Fundación y se constituyó el Comité de Dirección de la Fundación y EUROPARC-España para reforzar las sinergias entre el mundo académico y el profesional.
Puede consultarse información en detalle sobre la organización y la gobernanza de la Fundación en los siguientes documentos:
Equipo de trabajo

El equipo de la Fundación está formado por una decena de profesionales con perfiles técnicos y académicos adecuados a los objetivos fundacionales. Se colabora además con servicios y profesionales externos para el desarrollo de trabajos concretos. La Fundación dispone, adicionalmente, de acuerdos y marcos de colaboración con las universidades representadas en su Patronato, la UAM, la UCM y la UAH, para el desarrollo de sus actividades fundacionales.
Puede consultarse información en detalle sobre la organización y la gobernanza de la Fundación en los siguientes documentos: