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La Fundación coordina o participa en diferentes proyectos de ámbito europeo, de entre los cuales en los últimos años destacan los siguientes.

  • LIFE e-Natura2000.edu: Supporting e-learning and open education for Natura 2000 managers (2018-2021)La Fundación, junto con 6 socios europeos, lanza este proyecto con el objetivo de mejorar la capacitación de los gestores de la Red Natura 2000. A partir de la  identificación de las principales necesidades formativas existentes y a lo largo de 3 años se diseñarán y desarrollarán diferentes módulos  y herramientas formativas que permitirán avanzar en la gestión eficaz de estos espacios naturales.
  • LIFE RedBosques (2016-2019). RedBosques nace con el objetivo de mejorar la gestión de los bosques de la región mediterránea española incluidos en la Red Natura 2000, facilitando el acceso de los gestores y técnicos al mejor conocimiento disponible, de forma que lo puedan aplicar a su trabajo diario, en la incorporación de objetivos de conservación de la biodiversidad y de adaptación al cambio climático en sus actuaciones.
  • Red Natura y Fondos Europeos (2018). La Fundación Fernando González Bernáldez y EUROPARC-España están desarrollando el proyecto "Priorización de actuaciones y uso eficiente de fondos europeos para la gestión y el desarrollo rural en la red Natura 2000". Este proyecto cuenta con la cofinanciación del Fondo Social Europeo a través del Programa empleaverde de la Fundación Biodiversidad. 
  • European Volunteers in Parks, proyecto Grundtvig (2008-2014). Proyecto financiado por el programa Europeo Grundtvig destinado a la promoción del voluntariado ambiental en los parques.

La Fundación participa en proyectos de colaboración e intercambio con organizaciones, proyectos y espacios protegidos en todo el mundo, tales como los siguientes.

  • Colaboración en el programa EUROClima de la UE en América Latina (2016). Asesoramiento a la Agencia Española de Cooperación y Desarrollo en materia de biodiversidad y áreas protegidas
  • Desarrollo de los acuerdos marco de colaboración con Colombia, Costa Rica, México, Perú y Parque Nacional de Galápagos (Ecuador). Apoyo a intercambios técnicos y fortalecimiento de capacidades a través de acciones de formación.
  • Wetland Biodiversity Conservation in China (2011) Asesoramiento a la oficina china de la Agencia Alemana de Cooperación GIZ para la conservación de humedales en la implementación de un enfoque ecosistémico en la conservación de humedales (talleres, jornadas, seminarios, visitas demostrativas de delegaciones chinas en España).

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